はじめに注意しなければならないのは、「基本財産の総額」変更登記と「資産の総額」変更登記は別なものだということです。
毎年提出している都道府県知事宛届書の財産目録をみればわかるとおり、神社の財産は特殊財産・基本財産・普通財産の３つに分かれています。「資産の総額」とは特殊財産・基本財産・普通財産の合計総額の事で、「基本財産の総額」は３つの財産のうちの一項目の総額にすぎません。そして資産の総額は毎日変動しますが基本財産は不動産の購入や多額の寄付を基本財産に組み入れなど、普通の神社ではめったに変動することはないと思います。「基本財産の総額変更登記は毎年申請しなければなりませんか？」と聞かれたことがありますが、質問された方は恐らく基本財産の総額と資産の総額を混同されていたのではないかと思います。
宗教法人法上はどのように定められているかというと、宗教法人法では設立時の登記事項として「基本財産がある場合には、その総額」と定められ、それに変更を生じたときは２週間以内に登記しなければならない、とされています。神社の規則に基本財産金額の記載がある場合、当然現在の登記簿にも基本財産の総額が載っているはずですから、不動産の寄付などにより基本財産の総額に変更を生じた場合は県知事の認可を経て規則変更の手続を経てから登記申請をしなければなりません。
ただ、実際問題として規則に基本財産の総額の記載がないのに毎年基本財産の総額の変更登記を提出する例があるようです。おそらく神社側が資産の総額変更の意味で基本財産の総額の変更登記を提出し、申請を受けた法務局では申請書に規則を添付してもらって基本財産の総額の記載がないことを確認した上で任意的な登記事項として登記しているものと思われます。しかし前述したとおり、規則に基本財産の総額の記載が有る無しを問わず、資産の総額変更という意味での基本財産の総額の変更登記は不要です。
ここで悩ましいのは規則に基本財産の項目はあるが具体的な金額の記載がなく、登記情報に基本財産の金額が記載されている場合が多々あることです。宗教法人法第12条第1項第8号には規則記載事項として「基本財産、宝物その他の財産の設定、・・・に関する事項」とあり、同法第52条第2項第5号には「基本財産がある場合には、その総額」と規定されております。この２つをどのように解釈すればよいのか少し考えましたが基本財産の登記に関する先例と合わせて考えますと、設立当時、規則には基本財産の規定は設けたけれども基本財産の金額は記載事項とされていないので金額の記載まではしなかった、しかしながら基本財産はあるので設立登記申請ではその金額を登記したものと推測されます。
基本財産がない神社というのは普通考えられません（教義により物的財産は一切もたない宗教法人というのもあるのかもしれませんが。）ので、規則に金額の記載がなくても土地を購入したり御社殿を新築したりして基本財産の総額に変更を生じた場合、登記申請することになります。この場合規則に変更はありませんので所轄庁の認可は不要となり、上記実際問題として挙げた例と同様、申請書に規則を添付して基本財産の総額の記載がなく規則変更の認可が不要であることを証明した上で、会計帳簿や代表役員の証明書などを添付して変更登記をすることになります。
ただ、こういった事情が最初にあったような「基本財産の総額変更登記は毎年申請するもの？」という誤解や、逆に「規則に記載がないから変更登記を省略してしまってもいい？」という考え方にもつながってしまっているのだと思います。
あまりあってほしくない登記ですが、過疎化により神社周辺の集落が消滅してしまい、やむを得ず近隣地区の神社に祭神を合祀しなければならないときがあります。厳粛に合祀のお祀りをしなければなりませんが、宗教法人登記上でも手続が必要になります。登記申請の際は合祀する神社と合祀される神社の両者で十分に協議した上で、神社庁や所轄庁と十分に協議してから手続に入ってください。基本的な手続の流れとしては
１．規則を確認します。
２．規則の定めに従い総会や役員会を開催して合併の議決をします。
３．債権者がいれば債権者に通知して合併の承認を得ます。
４．本庁統理の許可を得ます。
５．所轄庁に認可申請をします。
６．所轄庁から認可書が届いたら登記申請をします。
合併の登記をするときは神社庁と合祀の手続きをしながら登記の申請手続も進めていくことになります。また合祀される神社の不動産の登記手続も出てきますので、神社庁・司法書士と相談しながら手続きを進めた方が確実だと思います。
残念ながら合祀する神社も宗教法人としては解散してしまう場合、２カ月を過ぎないと清算結了はできません。宗教法人法第49条の3の規定により清算人に就任したら2カ月以内に3回官報広告をしなければならないからです。
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